Telah digunakan untuk mencipta lengkung standard untuk mengkuantifikasi ZIKV GE satu μl RNA. berdasarkan pendekatan yang menggunakan skim ZikaAsian V1, sebagai diterangkan 24. kualiti sampel virus yang diterangkan dalam ref. telah digunakan untuk semua langkah-langkah Pemurnian. Snakemake adalah digunakan sebagai sistem pengurusan aliran kerja 48. membaca sejajar visual telah diperiksa menggunakan Geneious v9. sebelum menjana Muafakat urutan.
Samtools telah digunakan untuk mengisih fail BAM sejajar dan menjana statistik penjajaran 47. Penjujukan ZIKV pada USAMRIID telah dilaksanakan menggunakan pendekatan pengayaan yang disasarkan. dengan adat ZIKV prob. kedalaman liputan, menyokong kesepakatan ulama, adalah dikehendaki untuk membuat panggilan asas.
Dua Indeks, dengan Indeks tidak bertindih, telah digunakan. Prob yang direka untuk melindungi seluruh genom ZIKV dan meliputi kepelbagaian genetik yang ada di GenBank pada 14 Disember 2016. Hexamer rawak yang berkaitan dengan membaca satu dan adaptors Illumina yang telah dibatalkan keahliannya dari membaca penjujukan yang menggunakan Cutadapt v1. BP ZIKV amplicons pada MiSeq tersebut. dan konsensus baru dijana menggunakan kombinasi Samtools v0. Reagent FuPa telah digunakan untuk mencerna urutan asas diubahsuai selepas pilihannya.
mungkin akibat kedalaman liputan pincang dan menurun PCR. daripada ZIKV dalam genom adalah dilindungi dari sampel dengan sebagai rendah sebagai GE 4 dan 9 setiap μl RNA daripada pendekatan amplicon dan pengayaan, masing-masing. menggunakan MAFFT 53 dan diperiksa secara manual. Semua diterbitkan dan boleh didapati lengkap ZIKV Korporat dari genotip Asia Pasifik dan benua Amerika telah diambil daripada pangkalan data awam GenBank pada Disember 2016. yang telah dikenalpasti sebagai model gegasan terbaik bagi inferens ML oleh jModelTest2 56. Petua perbezaan genetik dan tarikh persampelan telah dijalankan pada 57 kencang.
pada kadar jam molekul. yang dijangka daripada pengenalan yang tunggal. Model fit terbaik adalah jam molekul santai bersama-sama dengan model rumah Bayesian 63. berkaitan ZIKV korporat menambahkan Caribbean dataset, tetapi tidak secara langsung mempengaruhi kami membuat kesimpulan tentang sumber pengenalan ZIKV Florida.
nyamuk interaksi dan intervensi kawalan 67, 68, 69, 70, 71, 72. Pengagihan ini L merancang dalam Rajah Data dilanjutkan. Berikutan pengedaran hypergeometric dan merekod bilangan kelompok yang berbeza ditarik dalam sampel. Parameter k mewakili perubahan dalam bilangan kes sekunder yang dijana oleh setiap kes ZIKV 64. Di samping itu, sebagai analisis sensitiviti yang kami peringkat proses persampelan yang istimewa di mana kelompok yang lebih besar adalah lebih cenderung untuk disalurkan daripada daripada kelompok yang lebih kecil. Berikut, kami mengambil pendekatan simulasi yang maju, menarik sampel rawak daripada pengagihan ini.
Simulasi stochastic kematian yang menganggap selang bersiri dengan bermaksud 20 hari 15. Dalam kebanyakan kes, bilangan kes mingguan setiap negara dilaporkan hanya dalam graf bar. kes-kes tempatan dilaporkan. Oleh itu kita menggunakan WebPlotDigitizer v3. untuk menganggarkan nombor. Kami dihubungi PAHO beberapa kali dengan harapan untuk mendapat capaian kepada data mentah dimasukkan dalam graf bar, tetapi kami hadapi Malangnya telah ditolak.
Saiz jumlah penduduk negara dan Wilayah untuk mengira setiap minggu dan setiap bulan kadar insiden ZIKV juga telah diperolehi daripada PAHO 74. telah digunakan sebagai anggaran bagi kemungkinan jangkitan untuk menyiasat punca pengenalan ZIKV. Semua penumpang perjalanan di seluruh dunia. Untuk menyiasat sama ada penghantaran ZIKV di Florida bertepatan dengan corak perjalanan daripada kawasan-kawasan yang endemik di ZIKV, kami memperolehi bilangan penumpang yang tiba di Lapangan Terbang di Florida melalui penerbangan komersil. sebelum ini melaporkan data penerbangan dari negara-negara 33 dengan penghantaran ZIKV yang memasuki Amerika Syarikat Lapangan Terbang utama dari Oktober 2014 September 2015, yang boleh kita gunakan untuk menilai potensi untuk ZIKV pengenalan di luar Florida. pelabuhan-pelabuhan di tahun 2016 telah dikumpul dari rujukan kapal balak dilaporkan oleh Port of Miami dan dilaporkan Jadual kapal dari Kapasiti kapal pelayaran berjadual adalah petikan dari Manakala trafik udara berdasarkan bilangan pelancong yang dilaporkan, kami dianggar trafik laut dengan keupayaan kapal. Bilangan kes-kes ZIKV yang dilaporkan oleh setiap negara yang mungkin underestimates, sebahagiannya kerana majoriti jangkitan ZIKV asimptomatik 2, 31. untuk menganggarkan tahap intensiti kemuncak penghantaran.
model transmisi berasal dari kajian seroprevalence dan faktor-faktor alam sekitar seperti digambarkan 78. Perisian dan basemaps ada sumber terbuka dan diperolehi secara percuma kepada sesiapa sahaja. Senarai negara-negara dan wilayah-wilayah yang digunakan dalam analisis ini boleh dijumpai dalam Jadual tambahan 1b. Semua ZIKV penjujukan data disediakan di bawah NCBI BioProjects PRJNA342539 dan PRJNA356429. Individu contoh Nombor akses GenBank disenaraikan dalam Jadual tambahan 1a. Zika virus dan komplikasi. Semua data disediakan dalam melanjutkan Data atau maklumat tambahan, atau atas permintaan. Zika virus di benua Amerika: penemuan Epidemiologi dan genetik yang awal. Zika virus: Sindrom klinikal yang baru dan dengan kemunculan di Hemisfera Barat.
Penubuhan dan samar transmisi virus Zika di Brazil dan benua Amerika. Evolusi virus Zika dan penyebaran di benua Amerika. Kecekapan vektor nyamuk Amerika Syarikat bagi tiga jenis strain virus Zika. Wabak Zika virus jangkitan, Negeri Chiapas, Mexico, 2015, dan pertama disahkan penghantaran oleh nyamuk Aedes aegypti di benua Amerika. Pengesanan pertama infeksi semulajadi Aedes aegypti dengan virus Zika di Brazil dan seluruh Amerika Selatan. Pembezaan susceptibilities Aedes aegypti dan Aedes albopictus dari benua Amerika untuk Zika virus.
Pengubatan Zika wabak di Amerika Latin. Asal-usul wabak virus Denggi di Martin County, Florida, USA 2013. berkaitan virus Denggi, Key West, Florida, Amerika Syarikat, 2010. Vektor yang ditanggung Zoonotic Dis. berdasarkan kaji selidik seroepidemiologic, Disember 2005.
Kembali wabak denggi di Amerika Syarikat: implikasi terhadap pengamal kesihatan awam. Pengagihan global arbovirus vektor Aedes aegypti dan Ae. Mengenalpasti kes-kes demam denggi di Houston, Texas, dengan bukti penghantaran autokhon antara 2003 dan 2005. Kaedah PCR bagi MinION dan Illumina penjujukan genom virus lain terus dari sampel klinikal dan Zika Multiplex. Mengenai kejadian bermusim dan banyak di Zika virus vektor nyamuk Aedes aegypti di Amerika Syarikat yang berdampingan.
Tanah kawasan: kes Denggi di Miami. Kes AS pertama jangkitan virus Zika dikenal pasti di Texas. Wilayah dengan transmisi virus Zika tempatan. Pan Pertubuhan Kesihatan Amerika Syarikat. Wabak virus Zika di Pulau Yap, bersekutu Micronesia. Denggi di Puerto Rico.
Menganggarkan transmissibility subcritical wabak Zika di negeri Florida, Amerika Syarikat, 2016. Kes virus Zika dikira di Amerika Syarikat. Garis Panduan interim bagi tafsiran antibodi virus Zika keputusan ujian. Zika virus: diagnostik bagi ancaman pandemik yang sedang pesat membangun. Kawasan Pasifik: satu kajian pemodelan. Sifat genetik dan serologic virus Zika dikaitkan dengan wabak, Yap Negeri, Micronesia, 2007.
Perbandingan klinikal, piawaian dan pengoptimuman pengesanan molekul Zika virus. Trimmomatic: yang fleksibel trimmer Illumina jujukan data. Sejarah AIDS di Amerika Utara. Format peta dan SAMtools. Geneious asas: perisian desktop yang bersepadu dan boleh dipanjangkan platform bagi organisasi dan analisis data jujukan. Kawalan kualiti dan pempraprosesan daripada metagenomic datasets.
MAFFT versi perisian penjajaran jujukan berbilang 7: peningkatan prestasi dan kegunaannya. mudah, cepat dan tepat algoritma untuk menganggarkan phylogenies besar dengan kemungkinan yang maksimum. Kemungkinan maksimum filogenetik anggaran dari DNA urutan dengan kadar berubah-ubah melalui laman web: hampir sama dengan kaedah-kaedah. jModelTest 2: lebih banyak model, baru heuristik dan pengkomputeran selari. Meningkatkan ketepatan perbandingan model jam demografi dan molekul sementara menampung filogenetik ketidakpastian. Meningkatkan kemungkinan kecil anggaran untuk pemilihan model filogenetik Bayesian. Bayesian coalescent inferens daripada dinamik penduduk lepas daripada rangkaian molekul.
Simulasi normalizing pemalar: dari kepentingan persampelan untuk merapatkan persampelan untuk laluan persampelan. Mengukur jalan ke arah penghapusan malaria. Superspreading dan kesan perubahan individu pada kemunculan penyakit. Menganggarkan potensi penghantaran supergenting proses berdasarkan pengagihan akhir saiz kecil wabak. Bandar besar, kecil dunia: ketumpatan, kadar hubungan dan penghantaran denggi di seluruh Pakistan.
Kejadian kes demam denggi semakin meningkat di Singapura dalam tempoh 40 tahun: pertumbuhan penduduk, suhu dan pergerakan. ditanggung penyebaran virus Zika di Eropah. Kementerian Kesihatan awam, Ecuador. Jadual perjalanan kapal pelayaran dan kadar penghunian.
Bila masa peristiwa-peristiwa penting dalam perjalanan Zika jangkitan dan kesannya: suatu kajian sistematik dan menggembleng analisis. berdasarkan unjuran Zika jangkitan virus di kalangan wanita yang melahirkan anak di benua Amerika. Matplotlib: Grafik 2D persekitaran. Kasar bagi merangka dan menyediakan prob pengayaan. disokong oleh ASTMH Shope persahabatan. disokong oleh Mahan persahabatan pasca Kedoktoran dari Program biologi pengkomputeran pada Fred Hutch. dan U01CK000510 perjanjian kerjasama CDC.
disokong oleh NIH NIAID R01AI099210. Penulis ini telah sama-sama menyumbang kepada kerja-kerja ini. Penulis ini bersama menyelia kerja-kerja ini.
No comments:
Post a Comment